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In order to toxoplasma gondii katze this, we show only a selected fraction of nodes grouped in seven communities without considering the self-regulatory links. As result Fig. The communities analysis of the network, depicted in Fig.

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Supplementary Fig. S1 depicts the toxoplasma gondii katze and the number of regulatory links in the resulting network when using different thresholds. Next, we analyzed gene ontology terms associated molecular functions and biological processes of the genes related to each community.

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In this manner, putative functions of uncharacterized genes can be inferred based on genes with a known function in the same community. A total of of genes in the network are uncharacterized, whereby processes and functions can be assigned based on the nodes with known toxoplasma gondii katze that integrate toxoplasma gondii katze community.

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A directed graph representation of the T. Nodes are grouped in seven communities.

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Blue links represent up-regulation interactions between nodes, while red links represent toxoplasma gondii katze interactions. The arrows indicate the direction of regulation, i. Additional details of communities and nodes are described in Fig.

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Nodes in community 1 toxoplasma gondii katze, mainly, in oxidation-reduction and proteolytic process; 44 uncharacterized genes are part of this community. The analysis of community 2 indicates that 48 member genes with no known function, could participate in the DNA repair process.

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By means of a word cloud representation we illustrate the results obtained from the graph analysis in an intuitive manner, Fig. In conclusion, combining clustering methods toxoplasma gondii katze graph structure analysis allows to systematically assign processes and functions to a large group of genes in the network.

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Communities are composed by gene clusters nodes that participate in similar biological processes. The size of the words are proportional to the frequency toxoplasma gondii katze the term within community. Obtaining meaningful information from a network with more than 10, links can be a bottleneck in the genome-wide network analysis.

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One manner to overcame this difficulty is by considering toxoplasma gondii katze those nodes which are key for the maintenance of each stage of the life cycle.

Inasmuch as regulatory function of a given gene relies on its activity level, there genes with a key regulatory role in a particular stage, but which are irrelevant in states when their activity level is almost toxoplasma gondii katze i. With this idea in mind, we have built for each steady state graphs which emphasize those nodes with a key role as regulators.

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In this sense we have displayed only those nodes that markedly regulate more than 5 other nodes. Thus, this feature depends not only on the weight of the link, but also toxoplasma gondii katze the current activity level of the regulator node.

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We have found that the five analyzed toxoplasma gondii katze share thirty-three of these nodes, twenty one of these nodes are present in the toxoplasma gondii katze showed Fig. The second step in our analysis is to include in the GRN dynamics the phenotypic transitions between the stages embedded in the previous section.

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To this end we create a trajectories set, denoted by D tthat consider the shortest possible path that join the initial stage of toxoplasma gondii katze phenotypic transition and the associated ending state, as indicated in Methods section.

For construction, the size of D t is smaller than the size of the GRN i.

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Among them we are interested in a particular one, the closest to the connectivity matrix W ss. Thus, the selected connectivity matrix, denoted toxoplasma gondii katze W tcan be found by:.

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C ss is matrix numerically obtained by optimizing the overdetermined problem posed in the Method section; Eq. In this manner, the obtained matrix W t is compatible with the trajectories set associated to the phenotypic transitions, toxoplasma gondii katze moreover supports toxoplasma gondii katze multistability associated with the different life cycle stages of the parasite.

To check how this connectivity matrix is able to reproduce the dynamics of the parasite during its life cycle we implement the model Eq.

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In each case, the network model simulations run by 44 times steps starting from one stage of the toxoplasma gondii katze cycle, and storing toxoplasma gondii katze states of the system at each time step. The time course of the variables corresponding to the activity level of nodes gene clusters of the network can be illustrated by mean of the principal components or is compiled in a movie.

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In Fig. Each trajectory, associated to a given simulated toxoplasma gondii katze transition is affected by identical environmental source and start at the same initial state, however have a particular noise realizations. After 44 time steps the state of the system reached toxoplasma gondii katze consistent with the expected state considering the acting environmental cue.

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Hence, the model can emulate the observed dynamical behavior of T. Environmental signals drive phenotypic transitions in T.

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The plot depicts three phenotypic transitions of the system under the influence of external cues obtained with our model Eq. Toxoplasma gondii katze transition comprises 44 time steps indicated by dots.

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In the plot we display 10 trajectories for each transition obtained with different noise realizations. This set comprises a total of genes, 96 of which are still functionally uncharacterized.

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It is important highlight that enolases are recognized as moonlight toxoplasma gondii katze, i. Further analysis is conducted to identify the circuit that drives the state of the system along the life cycle of the parasite as result of the external cues.

Gene target discovery with network analysis in Toxoplasma gondii | Scientific Reports

This step requires to identify an small set of regulatory links and cluster genes from toxoplasma gondii katze network with more than 17, links. The number of putative gene circuits within a network with this dimension is quite large and the assessment of all subnetworks can result in an unfeasible task.

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As such, we scale down the space of the search by considering only those subnetworks formed mainly by gene clusters with many links. To that purpose, we search for cyclic graphs, that contain only regulatory clusters, in matrix W t and evaluate the ability of the toxoplasma gondii katze to emulate the dynamics associated with toxoplasma gondii katze parasite life cycle.

In order to do that, we have reduce our model to a binary version of Eq.

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As final result we are able to recover a subnetwork with sixteen nodes whose topology is illustrated in Fig.

The parameter values associated to this subnetwork are the same that the ones determined by Toxoplasma gondii katze. The subnetwork illustrated in Fig.

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The list of nodes that composes this subnetwork includes:,,toxoplasma gondii katze,,andwhich in turn comprises a total of twenty six genes.

Fifteen of these genes toxoplasma gondii katze have no assigned known function, while the rest of genes already characterized include four genes associated with GRA proteins and other three genes associated with ribosomal proteins, and one coding for a redoxin domain-containing protein.

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Subnetwork module associated with life cycle of T. This module is the minimal subnetwork that explains the studied phenotypic transition of T. Green links represent up-regulation between nodes, while toxoplasma gondii katze links represent down-regulation.

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Thus, the perturbation experiments suggest that the nodes proposed here could be toxoplasma gondii katze candidates for master key regulators.

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Muchas gracias! El traumatismo del sistema nervioso central toxoplasma gondii katze en La concusión es un síndrome clínico caracterizado por una alteración de la conciencia secundario a daño en la cabeza y pérdida de función.

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